４）回転子の磁石位置を確認しないままモータケースを閉じてしまい，回転子位置センサのZパルスと磁石N極(d軸)の位置関係が分かりません。誘起電圧波形からd軸方向を調べる方法はありますか？

調べる方法があります。モータの電機子巻線端子（Ｕ，Ｖ，Ｗ）を開放し，別途の原動機で回転子を一定速度で回転させ，Ｕ相の誘起電圧波形をレコーダで測定します。この誘起電圧波形が正から負に切り換わる「ゼロクロス」のタイミングで，磁石N極(d軸)の位置はＵ相の巻線軸の方向に一致（すなわち，回転子は０度の位置を通過）します。
これの根拠については，電機子電流が三相ともゼロのときの三相座標系におけるモータの電圧方程式を見ると「あ～，なるほど」と納得できると思います。
電機子巻線の中性点が引き出されていない場合は，Ｕ－Ｖ端子間とＷ－Ｕ端子間の２つの誘起電圧波形を測定すると，これらが負で交わる瞬間が上記のタイミングと一致します。
上記のタイミングからＺパルスが出力されるまでの，回転子位置センサの出力パルス数をカウントしておけば，Ｚパルスと磁石N極(d軸)の位置関係を把握しておくことができます。